在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
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草野太一,滨野大辉,下野纮,伊濑茉莉也,间宫康弘,水树奈奈,梅泽惠,石田彰,小野大辅,福山润,宫野静,佐藤美由希,诹访部顺一
国产
第39集
日本
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新祐树,和气杏未
欧美
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伊恩·詹姆斯·科里特,詹姆斯·阿诺德·泰勒,路易斯·奇里洛
日本
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富永美伊奈,古川登志夫,二又一成,池水通洋,井上瑶,阪修,千叶繁,大林隆介,榊原良子
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第1集
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日本
第2集
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日本
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梶原岳人,岛崎信长,优木加奈,诹访部顺一,下野纮,冈本信彦,小山力也,铃木达央,小仓唯,福山润,室元气,村濑步,日野聪,安野希世乃,水树奈奈,松田健一郎,斋贺光希,高桥未奈美,绿川光,佐仓绫音,森川智之,皆川纯子,西明日香,鸟海浩辅,小西克幸,小野大辅,小林优,伊濑茉莉也,浪川大辅,花江夏树
日本
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大铃功起,橘龙丸,山下诚一郎,八代拓,堀江瞬,加藤涉,榎木淳弥,熊谷健太郎,武内骏辅,梅原裕一郎,小野贤章,内山昂辉,古川慎,兴津和幸,河濑茉希,手冢弘道,上田丽奈,小松未可子,小林亲弘,安元洋贵,真堂圭,园崎未惠,中岛良树
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宫野真守,山寺宏一,林原惠美,石田彰,高山南,森川智之,福山润,井上和彦,长岛雄一,野泽雅子,佐仓绫音,悠木碧,大塚明夫,山口胜平,关智一,早见沙织,杉田智和,井上喜久子,田中真弓,佐久间玲,关俊彦,田中美海,真山亚子,名冢佳织,日高范子
国产
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